Провозглашение 27 августа 1991 года независимости Республики Молдова стало началом реформирования государственных институтов.

В целях регулирования деятельности структур Гражданской обороны Республики Молдова и в соответствии с декларацией о независимости Республики Молдова, в 1991 году Президент Республики Указом №244 от 24 декабря 1991 года «О Гражданской обороне Республики Молдова» постановил переход под юрисдикцию Республики Молдова Штаба Гражданской обороны, его командных учреждений и органов, а также военных частей Гражданской обороны СССР, дислоцированных на территории республики.

Указанным декретом было установлено, что все имущество Штаба Гражданской обороны Республики Молдова и подчинённых ему учреждений, вооружение и материально-техническая база военных частей Гражданской обороны СССР, дислоцированных на территории республики, являются собственностью Республики Молдова.

Далее Постановлением Правительства Республики Молдова №265 от 14 мая 1993 года Штаб Гражданской обороны был передан в подчинение Министерству обороны.

Затем, согласно Директиве Большого Генерального штаба Вооружённых Сил Республики Молдова №17/018 от 01 сентября 1993 года, Штаб Гражданской обороны был реорганизован в Департамент гражданской защиты и чрезвычайных ситуаций.

Учитывая тот факт, что система гражданской защиты в большинстве развитых стран отделена от Вооружённых Сил и специфику администрирования гражданской защиты в повседневном режиме, а также в чрезвычайных ситуациях через центральные и местные органы публичной администрации и экономических агентов, Правительство Республики Молдова Постановлением №541 от 02 октября 1996 года вывело Департамент гражданской защиты и чрезвычайных ситуаций из подчинения Министерству обороны, а также Дирекцию пожарных и спасателей из подчинения Министерству внутренних дел, со всеми их департаментскими структурами, техникой, имуществом, основными и другими фондами, которые были включены в состав Департамента.

В связи с утверждением новой структуры публичной администрации согласно Постановлению Правительства №357 от 23.04.2005 «О мерах по реорганизации некоторых министерств и центральных административных органов Республики Молдова» Департамент чрезвычайных ситуаций реорганизуется в составе Министерства внутренних дел. Основные принципы организации Гражданской защиты в республике, её задачи, правовая основа деятельности в этой области установлены Законом «О гражданской защите» №271-XIII от 09 ноября 1994 года.

Гражданская защита Республики Молдова представляет собой систему мер и действий, предпринимаемых в масштабах всего государства в мирное и военное время, с целью обеспечения защиты населения и имущества в условиях природных и экологических бедствий, аварий и катастроф, эпизоотий, пожаров.